Aktualności

Konkurs na stanowisko student/doktorant-stypendysta nr 1 w projekcie „Ujarzmić agregację z AmyloGraphem 2.0: baza danych i model predykcyjny modulatorów samoorganizacji amyloidowej” w ramach konkursu SONATA 19 (DEC-2023/51/D/NZ7/02847). Termin składania ofert: 06.09.2024 r., godz. 15:00.

Nazwa jednostki: Laboratorium Bioinformatyki i Analiz Multiomicznych, Centrum Badań Klinicznych, Uniwersytet Medyczny w Białymstoku

Kierownik projektu: dr Michał Burdukiewicz

Typ konkursu NCN: SONATA 19

Nr projektu: 2023/51/D/NZ7/02847

Nazwa stanowiska: student/doktorant-stypendysta

Opis projektu:

 Amyloidy to białka występujące w wielu chorobach, np. Alzheimer, Parkinson, Creutzfelda-Jakoba i cukrzycy typu 2, charakteryzujące się zdolnością do samoagregacji we włókna o unikalnej strukturze. Opracowywana przez nas baza AmyloGraph (https://amylograph.com/) jest jedynym na świecie źródłem informacji na temat modulacji procesu samoagregacji. Podczas realizacji tego projektu opracujemy narzędzia oparte o uczenie maszynowe w celu automatycznego przetwarzaniu informacji pochodzących z nowych źródeł. Dodatkowo, stworzymy nowy interfejs użytkownika ułatwiający dostęp do zebranych przez nas informacji. Oprócz rozwoju bazy, pozyskane dane wykorzystamy do trenowania modelu projektujące nowe związki chemiczne hamujące samoagregację, które mogłyby być wykorzystywane w terapii chorób amyloidowych. Więcej informacji o zespole badawczym i samym projekcie na stronie https://biogenies.info/.

Wymagania od Kandydata:

Do konkursu mogą przystąpić osoby, które posiadają:

1. status studenta studiów: pierwszego stopnia (III rok), drugiego stopnia (I rok) lub jednolitych studiów magisterskich (II-IV rok) realizowanych w uczelniach na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej na kierunku Informatyka/Matematyka/Biotechnologia/Bioinformatyka/Biostatystyka i kierunków pokrewnych lub doktoranta nieposiadającego stopnia doktora (uczestnika studiów doktoranckich w rozumieniu ustawy  dnia 27 lipca 2005 r. Prawo o szkolnictwie wyższym lub doktoranta w szkole doktorskiej w rozumieniu ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. Prawo o szkolnictwie Wyższymi nauce);
2. wiedzę z zakresu budowania modeli uczenia maszynowego;
3. wiedzę z zakresu tworzenia i wdrażania baz danych;
4. zaawansowana znajomość języka R, w szczególności środowiska tidyverse i pakietu shiny;
5. mile widziana znajomość języka Python oraz JavaScript;
6. umiejętność pracy z systemami kontroli wersji;
7. umiejętność pracy w zespole oraz silną motywację do pracy badawczej;
8. bardzo dobrą znajomość języka angielskiego w mowie i piśmie.

Opis zadań:

1. Zautomatyzowane wyszukiwanie nowych źródeł informacji.
2. Opracowanie narzędzi do automatycznej walidacji danych.
3. Opracowanie narzędzi do automatycznego pozyskiwania danych z nowych źródeł.
4. Zaprojektowanie i zaimplementowanie nowej wersji bazy AmyloGraph.
5. Wdrożenie nowej wersji bazy AmyloGraph.
6. Trenowanie i analiza porównawcza modelu predykcyjnego dla modulatorów.
7. Wdrożenie modeli generatywnych dla projektowania małych cząsteczek.

Warunki zatrudnienia:

-     miejsce wykonywania zadań: Centrum Badań Klinicznych, Laboratorium Bioinformatyki i Analiz Multiomicznych,

-     okres wypłaty stypendium: 01.10.2024 r. – 31.09.2025 r. (z możliwością przedłużenia do co najmniej 31.06.2027) - na podstawie umowy stypendialnej,

-     wysokość stypendium: 2.500,00 zł miesięcznie,

-     przewidywany termin rozpoczęcia pracy w projekcie: od 01.10.2024 r.,

-     pokrycie kosztów wyjazdów konferencyjnych.

Dodatkowe informacje:

Termin składania ofert: 06.09.2024 r., 15:00 (GMT+2)

Forma składania ofert: na adres e-mail: michal.burdukiewicz@umb.edu.pl z podaniem w tytule maila: „Konkurs na stanowisko student/doktorant-stypendysta nr 1 w projekcie nr 2023/51/D/NZ7/02847”.

Zastrzegamy sobie prawo do udzielania odpowiedzi tylko wybranym kandydatom.

Rozmowa kwalifikacyjna (online, Google Meet) z osobami, które złożą wymagane dokumenty, odbędzie się w dniach 16-17.09.2024 r.

Wymagane dokumenty:

- List motywacyjny,

- CV przedstawiające:

• dotychczasowy dorobek naukowy, w tym publikacje w renomowanych wydawnictwach/czasopismach naukowych
• osiągnięcia wynikające z prowadzenia badań naukowych, stypendia, nagrody oraz doświadczenie naukowe zdobyte w kraju lub za granicą, warsztaty i szkolenia naukowe, udział w projektach badawczych

Prosimy o wpisanie do CV aktualnego adresu e-mail i numeru telefonu.

- Zaświadczenie o statusie studenta/doktoranta.

- Podpisaną informację obejmującą Informację o przetwarzaniu przez Uniwersytet Medyczny w Białymstoku danych osobowych osób ubiegających się o stypendium oraz zgodę na przetwarzanie danych osobowych, sporządzone w formie odrębnego dokumentu możesz pobrać TU.